Η σχέση του αγίου με το νησί υπήρξε στενή. Μετά την έγερσή του κατέφυγε στην Κύπρο όπου συναντήθηκε με τους Αποστόλους Παύλο και Βαρνάβα, οι οποίοι τον χειροτόνησαν επίσκοπο Κιτίου. Οι πηγές αναφέρουν ότι τάφηκε σε μαρμάρινη λάρνακα η οποία έφερε την επιγραφή «Λάζαρος ó τετραήμερος καί φίλος τοũ Χριστοũ».
Με εντολή του αυτοκράτορα Λέοντος Στ, τα λείψανα του αγίου μεταφέρθηκαν από το Κίτιο στην Κωνσταντινούπολη. Κατά την παράδοση η ανέγερση του ναού εντάσσεται στην ίδια περίοδο (αρχές 10ου αιώνα), και πραγματοποιήθηκε με αυτοκρατορική χορηγία ως αντάλλαγμα της μεταφοράς του λειψάνου στην Κωνσταντινούπολη. Ο ναός του Αγίου Λαζάρου, μαζί με το οχυρωμένο λιμάνι και το φράγκικο κάστρο, αποτελούσαν κατά τους μεσαιωνικούς και νεότερους χρόνους τα μεγαλοπρεπέστερα κτίρια της Λάρνακος. Μέχρι τις αρχές του 20ου αιώνα ο ναός περιβαλλόταν από κελλιά τα οποία ενοικίαζαν έμποροι, ταξιδιώτες και τεχνίτες. Με τα χρόνια, η εκκλησία αποτέλεσε τον πολεοδομικό πυρήνα, περιμετρικά του οποίου αναπτύχθηκαν οι συνοικίες του λιμανιού της πόλης.
Οι ανασκαφικές έρευνες που έγιναν στον χώρο του ναού απεκάλυψαν τα κατάλοιπα δύο πρωιμότερων εκκλησιών, πάνω από τα οποία κτίστηκε η σημερινή. Οι ανασκαφές στον περίβολο και στο εσωτερικό του ναού απεκάλυψαν μαρμάρινες σαρκοφάγους και κιβωτιόσχημους τάφους, μερικοί εκ των οποίων φαίνονται στην κρύπτη της εκκλησίας. Σύμφωνα με περιηγητικά κείμενα του 16ου αιώνα, ένα όρυγμα που βρισκόταν κάτω από το Ιερό λατρευόταν ως ο τάφος του Αγίου Λαζάρου και αποτελούσε πανορθόδοξο προσκύνημα. Ο αρχιτεκτονικός τύπος του ναού ανήκει στην κατηγορία του σύνθετου σταυροειδούς εγγεγραμμένου με τρούλο. Κατά το 15ο-16ο αιώνα ένα γοτθικό προστώο προστέθηκε κατά μήκος του νότιου τοίχου του ναού. Ενδέχεται την ίδια περίοδο ο ναός να μετατράπηκε σε καθολικό μοναστήρι και ο χώρος του προαυλίου του σε κοιμητήριο. Κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας ο ναός μετατράπηκε σε ισλαμικό τέμενος και το 1589 πουλήθηκε στην ορθόδοξη κοινότητα έναντι 3.000 άσπρων. Μέχρι το 1784 ο ναός χρησιμοποιείτο και από τους καθολικούς, οι οποίοι λειτουργούσαν στο ναό μόνο δύο μέρες το χρόνο. Το κωδωνοστάσιο του ναού είναι κτίσμα του 1857 με νεογοτθικά και νεοκλασσικά στοιχεία. Μέχρι τις αρχές του 20ου αιώνα σώζονταν στο εσωτερικό του ναού σπαράγματα τοιχογραφιών.LIKE ΕΔΩ ΚΑΙ ΔΙΑΒΑΣΤΕ... ΣΗΜΕΡΑ ΤΙΣ ΑΠΟΚΑΛΥΨΕΙΣ ΤΟΥ... ΑΥΡΙΟ
